ITK Release 4.5

New Documentation


  • New edition of the ITK Software Guide.  For the first time since version 2.4, a new edition of the ITK Software Guide is available, a book that has been a close companion to numerous medical imaging graduate students. In addition to numerous updates, the resource now has a community contribution mechanism that mirrors the contribution process for the ITK repository.  Improvements are welcome to this living document. The new edition is available in PDF form and downloadable from https://itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf .

  • ITK Wiki examples tarball.  A buildable archive of the outstanding examples indexed at https://itk.org/Wiki/ITK/Examples is available to download, build against the current release, and learn from.

  • ITK Sphinx examples downloads.  Examples available online at https://itk.org/ITKExamples/ are stored in Git version control but rendered in HTML, PDF, and EPUB output formats with the Sphinx documentation system.  They have CTest unit tests, inline Doxygen class descriptions and links to full Doxygen class documentation, nightly generated Gitstats, an index, quick search, and a contribution mechanism that mirrors ITK or the Software Guide.

  • ITK repository examples links in Doxygen HTML documentation.  A downloadable archive of the Doxygen generated HTML documentation is available as usual, but examples from the ITK repository Examples/ directory are also indexed in the description of every Doxygen class.

New Features


  • ITKv4 registrations can now be run in either 64-bit double or 32-bit float modes.  Both double and float transform types are also now supported by metrics, optimizers, and IO readers/writers.

  • SpacingValueType – Previously ITK only supported representing physical space as type double.  This patch introduces a typedef to encapsulate the concept of space precision to more clearly document the intended characteristics of the types.  This is the first step toward allowing compile time selection of using single precision types for characterizing physical space (origin, spacing, direction cosines).  There is an CMake configuration option, ITK_USE_FLOAT_SPACE_PRECISION, to allow building the entire toolbox in single precision mode, and currently is intended to facilitate future performance testing. NOTE:  Use of ITK_USE_FLOAT_SPACE_PRECISION causes many regression test failures, and is not intended for production use at this time.

  • Support for “float” type as physical units type in the Registration framework, which makes possible float type displacement fields and faster, less memory intensive registrations

  • Many performance improvements in Registration – significant performance improvements made for ImageRegistration. See patch sets prefixed by PERF.  False sharing across threads as identified and removed.  Unnecessary mutex lock identified and removed.  For one common case on real sized data, this resulted in a 70X speed increase.

  • Two new Remote modules:

    • MGHIO – Partial support for reading/writing image files from FreeSurfer (Not a complete implementation, but simple label maps and intensity images can be read/written).

    • SmoothingRecursiveYvvGaussianFilter – From Insight Journal submission: https://hdl.handle.net/10380/3425

  • The SCIFIO remote module has also seen nice updates.

  • IO module libraries will now be built as shared libraries with BUILD_SHARED_LIBS ON

  • MRCImageIO moved out of the Review Module

  • BinShrinkImageFilter added – From Insight Journal submission: https://hdl.handle.net/10380/3450

  • WrapITK Python wrapping now supporting GCC 4.8

  • JPEG format now writes out spacing in physical units

  • MINC ImageIO improvements:

    • Correct handling of missing or damaged minc file

    • MINCTransformAdapter class to use MINC style transformations stored in .xfm files, using native minc general_transform functions, which means that thin-plate spline non-linear transformations are accessible and calculation of inverse transformation can be done in a way consistent with minc tools.

    • Ability to store any linear transformation based on MatrixOffsetTransformBase<double,3,3> in minc style .xfm file (using TransformFileWriter).

  • OtsuThresholding classes made more consistent with other libraries

    • Now the output of the threshold value may be different from previous releases (bug fix)

  • Synchronized with “teem” library 1.11.1, providing NRRD functionalities.

  • FlatStructuringElement new option to use a parametric radius in Ball() method

  • LevelSetsv4 now has a penalty term for overlap between level sets.

  • Can now read Philips 4D multi-frame DICOM files

  • CMake variable ITK_BUILD_ALL_MODULES was replaced with   ITK_BUILD_DEFAULT_MODULES (same behavior, more appropriate name).

  • Remote Modules were simplified by removing the CMake configuration variable Fetch_{RemoteModuleName} and only requiring Module_{RemoteModuleName}

  • New CTest label “RUNS_LONG” to makes it possible to exclude long running tests with “ctest -LE RUNS_LONG”

  • Deprecate ITK_USE_REVIEW CMake variable in favor of Module_ITKReview

  • Better support for system installed GDCM

  • Preliminary support for Visual Studio 12 (2013)

  • Preliminary support for OSX 10.9 - Maverick

  • Support for building ITK against a DCMTK 3.6.0 installed on Ubuntu using apt-get

  • Improved support for C++11

  • More consistent coding style across the toolkit

    • Lots* of important bug fixes, including 73 issues reported by Coverity static analysis

  • And more! See details in the log.

List of changes since v4.5rc03


Bradley Lowekamp (4):

     BUG: Fix rounding issue with HistogramPlotter test
     COMP: Remove unused method to manage warning
     COMP: Prevent compile-time numeric warnings in Float Exception test
     BUG: Add new baseline and relax tolerance for histogram plotter

Brian Helba (2):

     BUG: Put ImageIOBase helper function in anonymous namespace
     BUG: Remove an invalid test case that will always fail

Constantine Zakkaroff (1):

     DOC: ITK Software Guide Reference Label Fix

Kent Williams (1):

     COMP: Remove outdated conditionals/pragmas

Matthew McCormick (9):

     COMP: Fix BSplineDeformableTransformTest for GCC4.8.2.
     COMP: Disable -Warray-bounds for GCC 4.7, 4.8.
     COMP: Fix HDF5 add_custom_command TARGET does not exist warnings.
     COMP: ImageRegistrationHistogramPlotter HistogramWriter visibility.
     BUG: Do not clobber Git origin pushurl.
     COMP: Fix signed/unsigned comparison in itkBinShrinkImageFilterTest1.
     BUG: Fix BinShrinkImageFilter 32-bit failures with rounding.
     BUG: Make RealTimeClock on Windows report consistent time.
     ENH: Mark ImageRegistrationHistogramPlotterTest as RUNS_LONG.

Paolo Zaffino (1):

     ENH: wrap CenteredTransformInitializer 2D images

Xiaoxiao Liu (2):

     BUG: itkVTKTetrahedraMeshReader fails on a win64 build.
     BUG: SCIFIO auto image factory registration.

List of changes since v4.5rc02


Bill Lorensen (1):

     ENH: Restore/convert/repair ImageRegistrationHistogramPlotter

Bradley Lowekamp (5):

     DOC: Fixing BinShrink image caption
     BUG: Fix up-casting causing inf loop
     BUG: remove HDF5 configuration option propagated to the top
     BUG: initialize member variables in LabelVoting filter
     BUG: Add missing cmake file for MRCIO and wrapITK

Jean-Christophe Fillion-Robin (1):

     COMP: Ensure FindDCMTK.cmake provided by ITK is used (build tree case)

Matthew McCormick (2):

     ENH: Wrap additional dimensions for TileImageFilter.
     BUG: LeafTreeIterator does not produce correct output.

Xiaoxiao Liu (1):

     BUG: Fix remote image IO module registration.

List of changes since v4.5rc01


Bill Lorensen (1):

     COMP: Dead code

Bradley Lowekamp (6):

     COMP: Fix C++11 conversion warning.
     STYLE: Use double type in array initializer list for spacing
     COMP: No Vector pixel type for BinShrink
     BUG: Use standard baseline and compare for validation
     BUG: Remove initially available ITK_WRAP_JAVA cmake option
     COMP: Use SimpleNew macro to avoid Clone method

Brian Helba (1):

     DOC: Clarified NormalizedCorrelationImageToImageMetric value

Hans Johnson (1):

     BUG: SpacePrecision typedef's incorrect.

Julien Michel (1):

     BUG: Using static const variable causes ld error when using dynamic libraries

KWSys Robot (1):

     KWSys 2013-11-21 (1010d0e3)

Matt Leotta (1):

     COMP: Fix improper included header in vcl_memory_tr1.h

Matthew McCormick (1):

     BUG: Update VXL update README location.

List of changes since v4.4.0


Ali Ghayoor (5):

     ENH: transform reader/writer filters are templated on output precision type
     BUG: Fix memory leak error in itkHDF5TransformIO
     DOC: Migration guide is updated for multi precision of ITK
     BUG: TvirtualImage mismatch in registrationV4 and metric object
     STYLE: check dynamic cast validation in ITKv4 Registration

Andinet Enquobahrie (1):

     BUG: UseSeriesDetails variable not correctly set

Arnaud Gelas (24):

     ENH: Converting itk::Point, Size, Index, Vector, Matrix to corresponding OpenCV data structure
     BUG: Check that region for thread is not empty
     COMP: use concept checking instead of runtime checking
     BUG: Fix failure in InteractivePause test
     ENH: updating level sets sparse layer visualization
     ENH: Upgrade doxygen config file
     BUG: fix KWStyle errors in itkVTKVisualize* files
     BUG: Fix visualization of 3D level-sets
     ENH: Add Concept checking for 2D Visualization
     ENH: Use partial template specialization for iso value vis
     BUG: Check that region for thread is not empty
     BUG: Fix failure in InteractivePause test
     BUG: fix include to the corresponding hxx
     COMP: fix compilation error with Set/Get LevelSetDataPointerVector
     ENH: Rename LevelSetDataPointerVector -> LevelSetDomainRegionVector
     PERF: fix cppcheck issues in itk::ImageRegion
     STYLE: fix cppcheck style warning
     STYLE: fix cppcheck errors
     PERF: fix cppcheck perf warning
     PERF: cppcheck copy constructor
     PERF: fix cppcheck issues in itk::ImageRegion
     PERF: cppcheck performance issue
     COMP: fix cppcheck errors member not initialized in constructor
     STYLE: fix cppcheck style warning

Bill Lorensen (27):

     ENH: Reduce test times for Debug builds
     COMP: Bad CMake warning
     COMP: Resource leaks
     COMP: Resource leaks
     COMP: Uninitialized scalar variable
     COMP: Unbounded source buffer
     COMP: Destination buffer too small
     COMP: Destination buffer too small
     COMP: Resource leak
     COMP: Resource leak
     COMP: Big parameter passed by value
     COMP: Big parameter passed by value
     COMP: Copy-paste error
     COMP: Copy-paste error
     COMP: Copy-paste error
     COMP: Copy-paste error
     COMP: Copy-paste error
     COMP: Structurally dead code and resource leaks
     COMP: Big parameter passed by value
     COMP: Explicit null dereferenced
     COMP: Logically dead code
     COMP: Logically dead code
     COMP: Logically dead code
     COMP: Logically dead code
     COMP: Format string vulnerability
     COMP: Copy-paste error
     COMP: Dead code

Brad King (5):

     ENH: ExternalData: Do not re-stage staged object files
     MetaIO: Removed the deprecated _CM24 CMake variables
     COMP: Cleanup CMP0022 warnings in GDCM module
     COMP: Cleanup CMP0022 warnings in GDCM module static build
     BUG: Do not convert to make-escaped path for internal APIs

Bradley Lowekamp (55):

     COMP: Fix ambiguous specialization of GDCM Element
     ENH: Use Tiff version dependent field type enable LSM
     BUG: disable aligned attribute for GCC 4.1
     BUG: Prevent signed integer overflow in vnl urand_
     BUG: enable return value optimzation for VS debug mode
     BUG: increase the image tolerance for deformable test 5
     BUG: fix gradient recusive gaussian in VS debug
     BUG: in NthElementAdaptor pass by reference to modify argument
     BUG: disable aligned attribute for GCC 4.1
     BUG: Prevent signed integer overflow in vnl urand_
     BUG: enable return value optimzation for VS debug mode
     BUG: fix gradient recusive gaussian in VS debug
     BUG: in NthElementAdaptor pass by reference to modify argument
     ENH: Add option ENABLED_SHARED to itk_module for shared libraries
     ENH: Enabling shared IO modules on windows
     DOC: adding Examples directory to ITK Doxygen
     DOC: remove explicit doxygen example commands now automatically added
     BUG: add installation of Export headers
     BUG: Remove ENABLED_SHARED option for IOSpatialObjects module
     BUG: Fix linking of factory register method on static windows
     STYLE: Fix some style errors reported in continuous test
     BUG: Remove Spurious testing file
     COMP: Use relative path for generate output header parameter
     BUG: Enable slice-by-slice streaming for ShrinkImageFilter
     STYLE: Fix ShrinkImageStreamingTest style
     PERF: Flip filter use increment in scanline direction
     PERF: Additional FlipImageFilter performance by using input iterator
     PERF: Move test to IntegratedTest directory
     STYLE: fix typedef alignment
     ENH: Move validation to VerifyInputInformation
     ENH: Improve internal streaming for SliceBySliceImageFilter
     ENH: Enable a VectorImage to be used as displacement field
     BUG: Don't print null bias field
     ENH: Define print of null smart pointers
     BUG: Fix uninitialized m_Spacing in SignedMaurerDistance
     BUG: Fix uninitialized m_Spacing in SignedMaurerDistance
     BUG: Don't print null bias field
     BUG: Verify ConfidenceConnected Seeds
     BUG: Verify seeds in VectorConfidenceConnected
     ENH: Check and use C++11 typetraits first
     COMP: Use memcpy for raw memory copy
     BUG: Use string constructor which calculates str length
     BUG: fix out of bounds access of array
     ENH: Move private constant and method to private header
     ENH: Adding BinShrinkImageFilter.
     COMP: Fix warnings and missing include
     BUG: Fix Valrgrind detected delete mismatch
     ENH: improve coverage for SetShrinkFactor methods
     STYLE: running uncrustify and manual fixups
     ENH: Moving MRCImageIO out of review
     COMP: Fix gcc_xml segfault due to structure alignment
     ENH: adding wrapping support for BinShrink
     BUG: Add missing export specifiers for MRC module
     ENH: Move MRC wrapping out of review
     COMP: VS12 missing header in review

Brian Helba (45):

     DOC: Fix instances of class documentation outside itk namespace
     PERF: Discourage DomainThreader from spawning superfluous threads
     DOC: Cleanup docs for ThreadedDomainPartitioner and subclasses
     ENH: Implement ThreadedImageRegionPartitioner using ImageRegionSplitter
     STYLE: Unify style of operator`` ``delete[]
     STYLE: Remove superfluous return statements at the end of void functions
     STYLE: Fix miscellaneous KWStyle errors
     ENH: Remove superfluous IMMEDIATE option from CMake CONFIGURE_FILE
     STYLE: Replace Unicode in ITK source with ASCII homoglyphs
     ENH: Use MINC API to free memory allocated by MINC
     PERF: Allow delete of NULL pointers
     PERF: Refactor some deletion code
     ENH: Refactor KWStyle testing
     COMP: Make find_package usage compatible with < CMake-2.8.8
     BUG: Prevent CMake cache variable from endlessly accumulating values
     ENH: Rename Utilities/KWStyle/ITK.kws.xml.in to ITK.kws.xml
     DOC: Update Migration guide schema URL
     ENH: Rename ALL_MODULES to DEFAULT_MODULES
     STYLE: Fix class indentation
     BUG: Make KWStyleTest output in a uniform and concise format
     BUG: Update SmoothingRecursiveYvvGaussianFilter to fix CMake warning
     STYLE: Fix some indents in FixedArray::ReverseIterator declaration
     DOC: Fix issues in Transform and TransformBaseTemplate
     BUG: Make ImageIOBase::SetDirection accept const reference parameter
     BUG: Fix uninitialized variables in itkOpenCVBasicTypeBridgeTest
     DOC: Prevent concept checking comments from being parsed by Doxygen
     BUG: Prevent DCMTK from trying to build unnecessary components
     DOC: Update documentation graph font to avoid warnings
     DOC: Move an included STL file out of the itk namespace
     COMP: Fix warning C4789 from VisualStudio 11
     ENH: Add explicit KWStyle testing for Examples directory
     STYLE: Replace indentation tabs with spaces
     STYLE: Fix KWStyle issues in Examples: whitespace
     STYLE: Fix KWStyle issues in Examples: typedef alignment
     STYLE: Fix KWStyle issues in Examples: manual fixes
     BUG: Use KWStyle's GCC-style output for pre-commit style check
     STYLE: Remove trailing whitespace
     BUG: Make SCIFIO module non-default
     BUG: Fix memory leaks in MINCImageIO
     BUG: Fix ostream format modification warnings
     BUG: Fix uninitialized members of MINCImageIO
     DOC: Move Vector documentation from definition to declaration
     BUG: Resource leak
     ENH: Update CMake deprecated commands with new equivalents
     STYLE: Fix initialization list in BSplineBaseTransform constructor

C Cagatay Bilgin (1):

     DOC: Modify ShapeLabelObject comments.

Christina Rossmanith (1):

     BUG: enable itkLabelGeometryImageFilter to be used in loops

Constantine Zakkaroff (1):

     DOC: Correct DICOM Tag List Formatting

Cory Quammen (2):

     BUG: Enabled negative background values
     BUG: Fixed memory overusage in LandweberDeconvolutionImageFilter

Csaba Pinter (1):

     BUG: GDCM pixel spacing of ultrasound images.

Cyrille Faucheux (1):

     BUG: Fix support for RLE-compressed & upper-left BMP.

Daniel Maleike (3):

     BUG: Assert unchanged pixels only for non-PALETTE_COLOR images
     BUG: Add test case for GDCMImageIO
     BUG: Assert unchanged pixels only for non-PALETTE_COLOR images

Dirk Padfield (17):

     BUG: LabelGeometry cropped images with non-unit spacing incorrectly
     BUG: ProgressAccumulator reports incorrectly for streamed filters
     BUG: LabelGeometry matrix difference tolerance
     ENH: Added progress reporting to Masked FFT NCC
     BUG: LabelGeometry improvements
     BUG: Corrected the MaskedFFTNCC origin
     BUG: Resolved Otsu/OtsuMultiple Discrepancy
     ENH: Deprecated SetProgress and removed Modified call
     ENH: Deprecated SetProgress and removed Modified call
     BUG: ConstPointer assigned to non-const raw pointer
     ENH: Otsu code replaced with OtsuMultiple call
     BUG: ConstPointer assigned to non-const raw pointer
     ENH: Added valley emphasis algorithm to OtsuMultipleThresholds
     BUG: ReachedTargetPoints not set for OneTarget
     ENH: Remove duplicate code in BinaryBall and BinaryCross
     ENH: Added radiusIsParametric  mode to FlatStructuringElement
     ENH: Improved writing speed for TIFF images

Ethan Brodsky (1):

     BUG: fixedOrigin corrected in DeformableRegistration examples (ITK-3218)

Gordon Kindlmann (1):

     BUG: airOneLinify() infinite loop, synch w/ Teem for its 1.11.1 release

Hans Johnson (36):

     ENH: Add Remote Module for r/w of MGH files
     ENH: Provide instructions for linking to issues
     ENH: Feature to allow human readable object names
     BUG: Preserve backwards compatibility with types
     PERF: Optimizer scale caching and avoid copy
     ENH: Support single precision registration
     STYLE: Avoid polluting the ITK namespace
     STYLE: Simplify H5::Exception handeling
     STYLE: Replace expected exceptions with macro
     BUG: ImageSeriesWriter + GDCMImageIO loses info
     BUG: ImageSeriesWriter + GDCMImageIO loses info
     STYLE: ITK_EXPORT had no use
     BUG: Missing ',' in array of strings
     BUG: 'temp' used in exception message after delete
     BUG: Code after exceptions is unreachable
     BUG: Printing size of deleted variable
     BUG: Function should have const signature
     COMP: Remove unused variable
     COMP: Simplify code, and remove compiler warning
     STYLE: Use typename for template parameters
     COMP: Unused Clone and CreateAnother warnings
     STYLE: Prefer initialization to assignement.
     COMP: Const char * ternary operators
     BUG: Derived test class missing required logic
     PERF: Remove false sharing across threads
     PERF: Avoid smart pointer registration penalty
     PERF: Avoid vector copy, and prefer multiplication
     PERF: Reviewing code for facilitating compiler optimizations
     PERF: Avoid upcasting from float to double
     BUG: Match Convergence Window Precision
     COMP: Remove undefined complex types
     COMP: Remove undefined complex types
     COMP: Invalid conversion detected by clang c++11
     COMP: Non standard conversion for -std=c++11
     COMP: Allow single precision space definition
     COMP: Namespace change for SpacePrecisionType

Ho Cheung (6):

     BUG: VS11 Debug mode assertions fixes
     BUG: VS10/11 debug assertions for null pointer for std::copy
     BUG: VS11 Debug mode assertions fixes
     BUG: VS10/11 debug assertions for null pointer for std::copy
     ENH: Improve mangling of itktiff library.
     ENH: Improve mangling of itktiff library.

Irina Vidal-Migallon (3):

     ENH: Remote module: GPU and CPU Smoothing recursive YVV Gaussian Filter
     ENH: Remote module: GPU and CPU Smoothing recursive YVV Gaussian Filter
     ENH: YVV remote module - Add EXCLUDE_FROM_ALL option to itk_module.

Jean-Christophe Fillion-Robin (10):

     BUG: Disable aligned attribute to fix Apple GCC 4.2.1 seg fault
     COMP: Ensure FindDCMTK module works with and without DCMTKConfig.cmake file
     COMP: Make FindDCMTK more verbose
     DOC: Improve FindDCMTK.cmake documentation
     COMP: Ensure DCMTK libraries can be found on system without setting DCMTK_DIR
     COMP: FindDCMTK - Workaround bug in packaging of DCMTK 3.6.0 on Debian.
     COMP: Update ITKDCMTK_EXPORT_CODE_(BUILD|INSTALL) to support system DCMTK
     COMP: FindDCMTK - Exclude -D from DCMTK_DEFINITIONS for easier re-use
     COMP: FindDCMTK - Do not explicitly set DCMTK_DEFINITIONS
     COMP: Associate ITKIODCMTK with DCMTK_DEFINITIONS

Jim Miller (5):

     BUG: GDCMImageIO ignore image orienations from MetaDataDictionary
     BUG: Two tests were writing to same filename.
     BUG: GDCMImageIO ignore image orienations from MetaDataDictionary
     BUG: Two tests were writing to same filename.
     ENH: ResampleImageFilter ReferenceImage only needs to match dimension

Jonathan Guinet (2):

     BUG: {Opening,Closing}ByReconstructionImageFilter information propagation
     BUG: {Opening,Closing}ByReconstructionImageFilter information propagation

Julien Michel (1):

     ENH: Adding a separate template parameter to handle transform precision

KWSys Robot (1):

     KWSys 2013-07-10 (beef6819)

Kent Williams (22):

     ENH: fix std::string usage
     DOC: Rename DCMTKException DCMTKExceptionOrErrorReturn
     ENH: fix std::string usage
     BUG: Need to set 3rd dir cosine for DICOM images
     ENH: Accomodate Philips 4D Multiframe DICOM files
     BUG: Guard against Divide by Zero
     BUG: Row/Column assignment into ImageDimensions was wrong
     BUG: Guard against Divide by Zero
     BUG: Row/Column assignment into ImageDimensions was wrong
     ENH: Accomodate Philips 4D Multiframe DICOM files
     DOC: Rename DCMTKException DCMTKExceptionOrErrorReturn
     BUG: Need to set 3rd dir cosine for DICOM images
     COMP: Update git tag to incorporate MGHIO origin fix
     COMP: Move TransformFileWriter Specializations to CXX file.
     BUG: Bug fixed in remote MGHImageIO repo, update git tag
     BUG: argument check in LBFGSB too restrictive
     COMP: extend test for HistogramMatchingImageFilter to more pixel types
     COMP: HistogramMatchingFilterTest problem with ITKV3_COMPATIBILITY
     COMP: Make sscanf format & variable match types
     BUG: Fix tests that fail with Intel ICPC compiler on Linux
     ENH: Avoid use of cast in ImageToImageMetricV4
     BUG: DCMTKFileReader erroneously propogating exceptions

Kishore Mosaliganti (8):

     ENH: Allow visualization of initial level-set
     ENH: Add Set/GetNumberOfThreads for evolution
     ENH: New binary mask term with test
     ENH: Set/Get number of threads for Whitaker evolution class
     BUG: Non-square images mesh not specified correctly
     ENH: Set the scaling factor of the level-set function
     ENH: Added new overlap penalty term and test
     ENH: Level-set domains different from image domain

Luis Ibanez (7):

     STYLE: Fixed miscelaneous style errors.
     DOC: Removed Doxygen \example tags for Tests.
     COMP: Fix warnings in matrix division by scalar.
     COMP: Attempt to fix warning about \param.
     BUG: Fixed while loop condition.
     DOC: Better description of what the code is doing.
     BUG: Memory leak. Reported by Coverity.

Mark Hiner (5):

     BUG: Wrong classpath separator on Windows
     BUG: Wrong classpath separator on Windows
     ENH: Updated SCIFIO remote reference
     STYLE: update SCIFIO module name
     BUG: Update loci_tools to 4.4.9

Mark Palmeri (1):

     STYLE: correct syntax in Usage line

Martin Müllenhaupt (2):

     COMP: host platform source dir check
     COMP: host platform source dir check

Matt Clarkson (4):

     ENH: Test upper and lower bound of histogram.
     BUG: Include upper bound in last histogram bin.
     BUG: Updated mean and standard deviation test values.
     BUG: Update test data due to changes in itkHistogram.hxx

Matthew McCormick (107):

     ENH: Bump CMakeLists.txt version to 4.5.0.
     BUG: Remove non-existant GeSignaHDx data references.
     ENH: Add server URL to ArchiveTestingData script.
     ENH: Add slicer.kitware.com to the list of ExternalData resources.
     COMP: OpenJPEG #ifdef WIN32 not reliable ITK-3101.
     DOC: Improve grammar in transform float type migration guide.
     STYLE: Style fixes for MINCTransformIO.
     BUG: Remove non-existant GeSignaHDx data references.
     BUG: Regenerate HeaderTests' after .hxx files are removed.
     COMP: Update MINCTransformIO for templated transforms.
     COMP: Do not warn about unused typedefs.
     COMP: Fix argument 'buffer' might be clobbered on GCC 4.8.
     COMP: Wrap TransformBaseTemplate, Transform, and TransformFile{Reader,Writer}.
     DOC: SingelThreaded -> SingleThreaded in Doxygen Group.
     ENH: Change PATCH version for v4.4.1 release.
     BUG: Add missing ITKOpenJPEG dependency for ITKReview Module.
     COMP: ITKOpenJPEG EXCLUDE_FROM_ALL.
     COMP: Fix invalid Doxygen LaTeX formula.
     BUG: Fix Module_Review enable with a single configure.
     COMP: Wrap cost functions for templated precision.
     BUG: Fix Module_Review enable with a single configure.
     DOC: Fix GradientDescentOptimizer doc grammar.
     BUG: Using consistent naming for Transform template name change.
     BUG: Remove unused QUASI_NEWTON_STEP_ERROR.
     COMP: Do not try to include float.h for MinGW.
     STYLE: TScalarType -> TScalar
     COMP: Fix NIFTI CMake variable separation warning.
     ENH: Use Transform::Clone() in ImageToImageMetric.
     COMP: Remove redundant Typename structs. #3195.
     STYLE: Fix include guard in level set visualization.
     ENH: Use file(COPY .. instead of exec_process.
     COMP: Fix transform wrapping errors with ITK_WRAP_double OFF.
     DOC: Fix spelling errors in FourierDescriptors1.cxx.
     BUG: Fix ITK_USE_REVIEW compatibility set syntax.
     COMP: Avoid MetaIO config conflict with USE_SYSTEM_GDCM.
     BUG: itkSingleLevelSetsv4WhitakerImage2DTest output clobber.
     ENH: Test conversion writing float transform with templateless writer.
     BUG: BMPImageIO buffer size computation.
     COMP: Bump GCCXML version.
     Revert BUG:`` ``Exclude`` ``ITKReview`` ``when`` ``ITK_USE_REVIEW`` ``if`` ``off.
     Revert BUG:`` ``Exclude`` ``ITKReview`` ``when`` ``ITK_USE_REVIEW`` ``if`` ``off.
     COMP: Do not try to include float.h for MinGW.
     BUG: itkSingleLevelSetsv4WhitakerImage2DTest output clobber.
     COMP: Avoid MetaIO config conflict with USE_SYSTEM_GDCM.
     COMP: Bump GCCXML version.
     ENH: Bump version to 4.4.2.
     COMP: Fix LevelSetsv4Visualization against VTK5.
     BUG: Fix LevelSetsv4Visualization Doxygen group.
     BUG: Add QuickViewTest baseline for dash5ubuntu.
     BUG: Exclude all VTK headers from the header test.
     ENH: Improve ImageRegionReverseConstIterator doc.
     COMP: Add missing wrapping for ImageSourceCommon.
     COMP: Add missing VectorContainer instantiations for PointSet.
     STYLE: Use prefix increment in WeightedCovarianceSampleFilter.
     STYLE: LabelMap related style fixes.
     BUG: LabelMapToLabelImageFilter wrong superclass in itkTypeMacro.
     BUG: MeasurementVectorSizeType in PointSetToListSampleAdaptor.
     BUG: Re-use Superclass typedef's in LabelMapToLabelImageFilter.
     COMP: TranformIOBase unused GetTypeNameString function.
     COMP: TransformFileWriter unused AddToTransformList.
     STYLE: Fix KWStyleCodeTest - unnecessary semi-colons.
     COMP: Update MINCTransformIO for GetTypeNameString method.
     BUG: Fix uninitialized variables in N4BiasFieldCorrectionImageFilter.
     ENH: Remove unused scripts in Utilities/Dart.
     BUG: Fix uninitialized variables in N4BiasFieldCorrectionImageFilter.
     ENH: Add maintenance script to visualize test times.
     ENH: Add a RUNS_LONG label to long running tests.
     BUG: Enable MRC IO in UseITK whenever the ITKReview module is enabled.
     BUG: Fix Wrapping link to VtkGlue with VTK 6.
     COMP: Remove multiple definition of PushBackTransformList.
     COMP: Fix NIFTI CMake variable separation warning.
     BUG: ImageToImageFilter different Input2 pixel type does not stream. #3214
     COMP: Clean up use of Dimensions in MetaImageIO.
     COMP: Conditionalize insane #define`` ``inline in libtiff
     COMP: QuadrilateralCell Out-of-bounds-write.
     COMP: Out-of-bounds access GaussianDerivativeImageFunction.
     ENH: Use CompensatedSummation in GaussianDerivativeImageFunction.
     ENH: Improve const correctness of QuadrilateralCell.
     BUG: Add double-conversion license.
     ENH: Add check for LICENSE change on double-conversion update.
     BUG: Fix removal of temporary double-conversion repository.
     COMP: Catch TestDriver ExceptionObject.
     BUG: Add missing OpenJPEG LICENSE file.
     BUG: Add missing PNG license.
     BUG: AntiAliasBinaryImageFilter needs SetUseImageSpacing(false).
     DOC: Flat refers to binary in FlatStructuringElement.
     BUG: Examples should not have namespace KWStyle check.
     DOC: Recommend newer BSplineTransform over BSplineDeformableTransform.
     COMP: Do not warn about unused typedefs.
     BUG: 14th Ann Incorrect enum declaration.
     COMP: 14th Ann uninitialized scalar field.
     STYLE: Empty lines exceed 3.
     COMP: 14th Ann operator= should return TreeIteratorBase &
     BUG: Incorrect CDash URL in CTestConfig.cmake.
     DOC: Remove reference to missing AddFileNames method.
     COMP: TIFFImageIO: use types defined in itkIntTypes.h.
     COMP: 14th Ann Uninitialized pointer field.
     COMP: 14th Ann m_ChangePosition not initialized in constructor.
     PERF: 14th Ann TreeNode: prefer prefix ++/--
     COMP: 14th Ann *Command m_This not initialized.
     STYLE: 14th Ann Reduce variable scope.
     STYLE: 14th Ann reduce scope of variables.
     STYLE: 14th Ann operator= return Self &.
     PERF: 14th Ann prefix ++ operator on non-primative types.
     STYLE: 14th Ann reduce variable scope.
     ENH: Bump GCCXML to latest version.
     ENH: Update doxygen.config for 1.8.5.

Mickael Savinaud (1):

     COMP: fix compiler error from visual studio 2013

Nick Tustison (2):

     ENH:  Added B-spline registration test.
     ENH:  Accessing optimizer weights from the methods.

Olivier Commowick (4):

     COMP: Add cmake tr1 namespace check for macos clang
     COMP: Use ZeroValue instead of Zero for clang macos 10.9 compilation
     COMP: Use ZeroValue instead of Zero for clang macos 10.9 compilation
     COMP: Add cmake tr1 namespace check for macos clang

Pew-Thian Yap (1):

     BUG: Defined equality and inequality operators.

Sean McBride (1):

     COMP: Fixed compiler error in C++11

Simon Alexander (1):

     COMP: compilation failures encountered with Visual Studio 2013

Stephen Aylward (7):

     BUG: Fixed bugs in Form and hidden virtual funcs in Image
     COMP: Fixed unused variable warnings in tests
     COMP: Disable tests since paths are set wrong in VTK
     BUG: Fixed bugs in Form and hidden virtual funcs in Image
     COMP: Fixed unused variable warnings in tests
     COMP: Disable tests since paths are set wrong in VTK
     COMP: Fix warnings from VTK dashboard, contributed by Sean McBride

Sureerat Reaungamornrat (1):

     ENH: Make SetFixedImageRegion a virtual function

Taylor Braun-Jones (1):

     COMP: Remove unused TransformFileWriter::m_Precision ivar

Tobias Maier (2):

     BUG: VTKImageIO did not respect endianness for streamed writing/reading
     BUG: Uninitialized value in VTKImageIOStreamTest

Vladimir S. FONOV (6):

     BUG: Fixing small bugs in MINC IO Module
     COMP: Fixed building review statistics with gcc 4.7.
     BUG: Fixed bugs in Modules/IO/MINC and Modules/ThirdParty/MINC
     ENH: Added adapter class to use general_transform API from MINC
     ENH: Added adapter class to use general_transform API from MINC
     BUG: Fixed error handling in MINC IO

Xiaoxiao Liu (30):

     DOC: Add a comment for ITK_Common_EXPORTS
     ENH: Add a unit test for VectorImageToImageAdaptor.
     COMP: Relax tolerance for a regression test.
     ENH: Exclude ITKGDCM module when system GDCM is ON.
     BUG: Exclude ITKReview when ITK_USE_REVIEW if off.
     BUG: A fix for using sys installed GDCM.
     BUG: ITK_USE_Review did not turn Review module ON.
     ENH: Simplify the steps to build remote modules.
     ENH: Turn remote module LSTK off by default.
     ENH: Deprecate ITK_USE_REVIEW.
     DOC: Migration guide for ITK_USE_REVIEW deprecation.
     ENH: Remote module names need to be consistent.
     COMP: New baseline image for MultiResImageRegistrationTest.
     PERF: Remove redundant CMake variables.
     DOC: Sort the module enabling messages by names.
     ENH: Exclude ITKGDCM module when system GDCM is ON.
     BUG: A fix for using sys installed GDCM.
     COMP: New baseline image for MultiResImageRegistrationTest.
     ENH: Remove ITK prefix from remote modules.
     BUG: Update LSTK module tag.
     STYLE: Extract module dependency code to a separate file.
     COMP: Fix LSTK warning.
     COMP: Fix cmake warnings on EXCLUDE_FROM_ALL.
     DOC: Better warning message for ITK_BUILD_ALL_MODULES.
     BUG: Coverity resrouce leak in itkQuadEdgeTest1.
     COMP: Fix coverity bug in itkQuadEdgeTest.
     BUG: Resource leak in testMetaObject.cxx.
     COMP: Coverity scan resource leak in itkQuadEdgeTest.
     BUG: Fix typos in globalIndexNames.
     BUG: Fix typos in globalIndexNames.

List of changes in ITKApps since v4.4.0-apps


Bill Lorensen (1):

     ENH: Bump ITK version to 4.5.0

Matt McCormick (4):

     COMP: Add missing header to MIMApplicationBase.txx.
     COMP: Add missing this-> to derived method calls.
     STYLE: LandmarkRegistrator: whitespace towards ITK Style.
     COMP: Better use of typedefs in LandmarkRegistrator.