ITK Release 4.6#

New Documentation


Our documentation continues to improve. Remote modules are now grouped in the Doxygen Module page [1]. A number of new examples were added to the Sphinx repository and the Wiki, which can now also be build as Remote modules. The Software Guide was split into two books and configure and build instructions were revised.

[1] https://www.itk.org/Doxygen/html/modules.html

New Features


  • CMake improvements

 - Improved Remote Module support
 - Add ITK_FORBID_DOWNLOADS for package maintainers
 - ITK_USE_SYSTEM_EXPAT available

  • Filtering Improvements

 - Moved TransformToDisplacementField out of Review
 - An entire noise image generation module
   - https://hdl.handle.net/10380/3158
 - Better pipeline support for ResampleImageFilter
 - Move MagnitudeAndPhaseToComplexImageFilter out of Review
 - Setters for LabelMap overlay filters
 - More consistent filter progress reporting

  • ImageIO improvements

 - Register the GE image formats by default
 - More IO modules are built as shared libraries
 - OpenFileForReading/Writing methods in ImageIO
 - Support for system tiff 4.0.0-4.0.2 (e.g. some Ubuntu versions)
 - Mangling to internal OpenJPEG
 - SCIFIO improvements

  • Infrastructure improvements

 - MetaDataObject print specialization for common types
 - Improvements to ResourceProbe and RealTimeClock
 - More Solve methods for VNLSparseLUSolverTraits
 - Output stream operator for LightObject exposed
 - FFTW bump to 3.3.3

  • New Remote Modules

 - Skull stripper
   - https://hdl.handle.net/10380/3353
 - Wiki examples
 - Sphinx examples
 - Variational registration
   - https://hdl.handle.net/10380/3460
 - AnalyzeObjectMapIO
   - https://hdl.handle.net/1926/593
 - FDFImageIO
 - SplitComponents
   - https://hdl.handle.net/10380/320

  • Registrationv4 improvements

 - v4 regular step gradient descent optimizer
 - v4 amoeba optimizer
 - v4 exhaustive optimizer
 - v4 Powell optimizer
 - v4 one-plus-one-evolutionary optimizer
 - v4 LBFGS optimizer improvements
 - Use registration method classes as pipeline filters

  • Performance improvements

 - Registrationv4
 - Histogram computation
 - Improved SmartPointer copy
 - CompositeTransform
 - Registration Jacobian re-use

  • Wrapping improvements

 - pygccxml 1.0.0
 - .pth symlink usable in a virtualenv
 - Cleaner CMake configuration
 - SWIG and PCRE updated to 3.0.2, 8.34
 - Latest GCCXML, which works with GCC 4.9
 - Sweeping wrapping generation cleanup

  • Many style improvements ‚Äď ITK gets more stylish with every release!

  • Improved code coverage ‚Äď some measures put us over 85%!

    • Lots* of important bug fixes

List of changes since v4.6rc03


Arnaud Gelas (1):

     DOC: ThresholdBetween does not exist, it should be ThresholdOutside

Bradley Lowekamp (6):

     BUG: Remove division in inner loop for otsu threshold calculator
     COMP: Fix implicit conversion warnings
     BUG: Print the histogram calculator for auto threshold filter
     BUG: Use tolerant float compare when choosing better otsu threshold
     BUG: Fix out of bounds access for image region size
     BUG: Add export specification to DCMTKFileReader and utilities

Luis Ibanez (1):

     BUG: Increased OtsuThreshold computation precision

Matthew McCormick (13):

     COMP: Remove unused local typedef's.
     COMP: Make Doxygen Modules group definition consistent.
     STYLE: Improve readability and const correctness of ImageIORegion.
     BUG: GDCM does not apply rescale slope / intercept on write.
     COMP: Ignore itkIndex.h -Warray-bounds warnings on GCC 4.9.
     COMP: Remove unused typedefs in ITKReview module.
     COMP: Remove unused FFTW typedef's.
     COMP: Remove unused typedefs from the Examples.
     COMP: Remove unused typedefs in compatibility code.
     BUG: Fix GDCM buffer size when written pixel type is different.
     COMP: Disable array above bounds warnings in FixedArray for GCC 4.9.
     BUG: Increase itkVoronoiPartitioningImageFilterTest1 for 32-bit builds.
     BUG: Set output type to unsigned char when writing uchar in GDCMIO test.

Michka Popoff (3):

     BUG: Fix GeodesicActiveContourImageFilterOutput7.png
     STYLE: Threshold Segmentation LevelSet Image Filter Figure
     ENH: Remove GeodesicActiveContourImageFilter.py example

List of changes since v4.6rc02


Ali Ghayoor (1):

   ENH: Convert seven ImageRegistration examples to ITKv4

Bradley Lowekamp (2):

   BUG: Remove multiple per-pixel allocations in Mahalanobis Membership
   COMP: Fix unused-local-typedef warnings in the Registration and Numeric

Hans Johnson (1):

   ENH: Prepare for ITKv4 registration Examples

Matthew McCormick (5):

   BUG: Improve module Group membership detection.
   COMP: Fix unused-local-typedef warnings in Group Core.
   BUG: Update TransformReadWrite example.
   COMP: Fix unused-local-typedef warnings in the Filtering Group.
   COMP: Remove unused typedefs.

Nick Tustison (1):

   ENH:  Missed spec for generic computation type.

List of changes since v4.6rc01


Bradley Lowekamp (3):

     BUG: Do not ENABLED_SHARED for GDCMIO
     DOC: Add break in brief description of Canny edge filter
     BUG: Add additional MetaDataObject explicit instantiation.

Jean-Christophe Fillion-Robin (2):

¬†¬†¬†¬†¬†COMP:¬†Fix¬†‚Äúunused-local-typedefs‚Ä̬†warnings
¬†¬†¬†¬†¬†COMP:¬†Fix¬†‚Äúunused-local-typedefs‚Ä̬†warning¬†in¬†LandmarkBasedTransformInitializer

Kent Williams (1):

     COMP: Fix typo in ReflectiveImageRegionConstIterator.

Matthew McCormick (4):

     DOC: CMake warning BRANWEB -> BRAINWEB.
     BUG: Remove -Wno-unused-local-typedefs flag.
     COMP: Fix IOSTL Doxygen group and Windows shared build.
     BUG: Use Remote repository explicitly on git fetch.

Michka Popoff (6):

     COMP: Move itkMatrixCoefficients wrapping to Filtering module
     COMP: Fix wrapping with Core only
     STYLE: Pep8 cleanup for generators
     COMP: Fix default wrapping with all modules
     ENH: Use open() instead of file() for python 3 compatibility
     ENH: Allow to use methods which pass std::string by reference from python

Nick Tustison (1):

     ENH:  Adding generic computation type.

List of changes since v4.5.0


Alexander Schmidt-Richberg (1):

     ENH: Added *.remote.cmake for remote module VariationalRegistration

Ali Ghayoor (22):

     ENH: Add a registration test for LBFGS-B optimizer
     ENH: Add versorTransformOptimizerv4 class to ITKv4
     BUG: Fix Coverity defects for LBFGS-B tests
     BUG: avoid division by zero in versorOptimizerv4
     ENH: Add RegularStep gradient optimizer to ITKv4
     DOC: The use of VersorTransformOptimizerv4 is deprecated.
     ENH: [SG]et optimizable params ITKv4 registration
     ENH: remove VersorTransformOptimizerv4 from ITKv4
     ENH: Add AmoebaOptimizerv4 to ITKv4 registration
     ENH: Add ExhaustiveOptimizerv4 to ITKv4 registration
     ENH: Add PowellOptimizerv4 to ITKv4 registration
     BUG: define the GetStopConditionDescription as a public member funciton
     ENH: Add OnePlusOneEvolutionaryOptimizerv4 to ITKv4 registration
     BUG: lbfgsb optimizer could not be used in unbounded mode
     ENH: Add GetCurrentIteration to ExhaustiveOptimizerv4
     ENH: Add currentIteration to the AmoebaOptimizerv4
     PERF: Move the currentIteration to optimizersv4 base class
     ENH: Move the NumberOfIterations to the Optimizersv4 base class
     PERF: Change the parent class of RegularStepGradDescentv4 optimizer
     ENH: Add currentIteration to LBFGSBOptimizerv4
     BUG: Fix memory leak in LBFGSBOptimzierv4
     ENH: Add distance vector to KdTree search API

Bill Lorensen (32):

     BUG: Tiff compression was broken and untested
     ENH: Add SetJPEGQuality method
     COMP: Missing breaks in swithc
     COMP: Uninitialized scalar field
     COMP: Uninitialized scalar field
     COMP: Unused pointer value
     ENH: Add SkullStrip Remote Module
     BUG: Tiff compression was broken and untested
     COMP: Missing breaks in swithc
     ENH: Improved message for missing IO factories
     COMP: Remove vcl_time and vcl_clock
     ENH: Remove vcl_math calls
     COMP: std::abs integral overloads not always provided
     COMP: Array versus singleton access
     COMP: Failed to check dynamic_cast results
     STYLE: Empty lines exceed 3
     COMP: Uninitialized member data
     BUG: Two tests try to write the same file
     ENH: Uninitialized scalar field
     COMP: Constructor initialize list improvement
     COMP: Type warnings in constructors
     BUG: Copy/paste error
     COMP: Arguments of wrong type
     BUG: Buffer not null terminated
     BUG: Dereference after null check
     BUG: Division or modulo by zero
     ENH: Uninitialized scalar field
     BUG: Uninitialized scalar field
     BUG: Not restoring ostream format
     ENH: Add an exception safe state restore class for streams
     BUG: Not restoring ostream format
     ENH: Add WikiExamples as a remote module

Brad King (4):

     COMP: Remove extra calls to cmake_minimum_required
     COMP: Fix cmake_minimum_required call order
     COMP: Set CMake Policies CMP0025 and CMP0042 as necessary
     COMP: Add missing call to cmake_minimum_required

Bradley Lowekamp (91):

     ENH: Removed non-work TCL Examples
     DOC: Add missing const in Doxygen GetConstReferenceMacro
     BUG: Correctly re-throw exception to restore AbortEvent, ProcessAborted
     BUG: Emit StartEvent before a ProgressEvent
     BUG: Do not throw exception in Probes with mis-matched Stop
     BUG: Correctly re-throw exception to restore AbortEvent, ProcessAborted
     BUG: Adding export specification to Exception objects
     COMP: fix unused variable warning in abort test
     BUG: Adding export specification to Exception objects
     COMP: fix failing voronoi segmentation tests
     COMP: Remove explicit typed exception specifications
     ENH: Print Object name for observers of objects
     ENH: Adding progress reporting to some filters
     BUG: fixing grind peak progress to reach 1.0
     COMP: use std::transform with static_cast to avoid conversion warning
     BUG: disable ipa-cp-clone in GDCM
     COMP: fix unused variable warning in abort test
     BUG: Do not throw exception in Probes with mis-matched Stop
     BUG: Address Shared Library issues with SCIFIO
     COMP: fix failing voronoi segmentation tests
     COMP: export required in explicitly defined NumbericTraits consts
     DOC: Make comment the Doxygen brief
     BUG: Adding missing raw data file to MINC test
     BUG: Fix linkage for SmartPointerForwardReference for clang 4
     BUG: Fixing missing char type and doc for Thresholding filters
     BUG: Add support for system libtiff 4.0.0-4.0.2
     BUG: remove second wrapping of BinShrink for scalars
     BUG: Fix LabelStatistics and LabelOverlap to require same image size
     PERF: Remove IncreaseFrequencyOfMeasurement from inner loops
     STYLE: Save deference iterator mapped type to variable
     PERF: switch to scanline and linear iterators
     COMP: Fix checks for system libtiff
     PERF: add namespace swap to SmartPoitners
     PERF: Use stl iterator algorithm in Iterator Partitioner
     BUG: Add mutex lock to MersenneTwister GetInstance
     STYLE: MersenneTwister move methods to cxx, docs
     STYLE: renaming files to standard ITK conventions
     ENH: Improving Noise Simulation Filters
     COMP: Explicitly make constant an unsigned int
     BUG: Fix uninitialized ivar in NoiseBaseImageFilter
     ENH: Make NoiseBaseImageFilter an abstract base class
     COMP: remove extraneous cast to double
     BUG: Same test function in different file causes conflict
     ENH: Explicitly specify internal linkage for internal observer objects
     ENH: Enable observed events to modify observers
     BUG: Catch exception in DeleteEvent
     STYLE: dynamic_cast to pointer does not throw
     COMP: Fix GCC warning about unused typedef in ConceptChecking
     COMP: Adding itkMacro.h for ITK_NULLPTR definition
     ENH: Use DynamicCastInDebugMod for name input macros
     BUG: Add support for signed char output
     BUG: Use NewMacro for Clone with TimeVaryingVElocityFieldTransforms
     ENH: Improve DataObjectDecorator with Modifiable, Graft ReleaseData
     ENH: Improve Resample's use of pipeline inputs
     ENH: Adding output of line and file on test failure
     ENH: Add InitialTransform as pipelined input with inplace option
     ENH: Use Transform base class as default template parameter
     ENH: Use InitialTransform in deformation examples
     COMP: add missing stl algorithm header for std::max
     COMP: add missing stl algorithm header for std::max
¬†¬†¬†¬†¬†Revert¬†‚ÄúENH:`` ``Add`` ``Remote`` ``module`` ``group`` ``description`` ``to`` ``Doxygen.‚ÄĚ
     COMP: Remove incorrect override declaration
     ENH: Encapsulate expat header
     ENH: Make IntialMoving and InitialFixed transforms decorated inputs
     ENH: Update SimpleRegistration test
     BUG: Don't create new Decorator in GenerateData
     BUG: Use referenceImage for output information
     ENH: Adding some ImageIO libraries as shared
     ENH: Use TransformParametersAdaporBase on Transform base class
     ENH: Removing const_casts from ImageRegistrationv4 tests
     BUG: Add AllocateOutputs method to other v4 RegistrationMethods
     ENH: Update v4 registration tests to set initial transform
     BUG: Explicitly instantiate common MetaDataObjects
     BUG: Disable explicit visibility with OSX gcc  and llvm gcc 4.2
     ENH: Register GE Image formats
     COMP: Fix warning for overloading AllocateElements
     COMP: Suppress warning for using extern template instantiation
     PERF: Use shallow swap over deep assignment
     ENH: Use LearingRate member variable for scaling gradient
     ENH: support learning rate estimation for regular step optimizer
     COMP: Add space between string literals
     ENH: remove catch as dynamic_cast of pointers is nothrow
     BUG: Use rounding in TestingStretchIntensity for portability
     BUG: Warn if unsupported ITK_BRAINWEB_DATA_ROOT is being used
     ENH: Use MultiResolutionIteration event for registration
     ENH: Use exception safe copy-and-swap for assignment
     BUG: Use DEPENDS for dependent files
     STYLE: Add itkPrintSelfObjectMacro to improve indenting
     BUG: Print missing member variables
     ENH: Make more IO modules shared.
     COMP: Add missing header for EXIT_FAILURE

Brian Helba (66):

     ENH: Disable tip to enable Uncrustify from SetupForDevelopment
     STYLE: Rename TValueType template parameters to TValue
     COMP: Fix compiler warnings with ITK_USE_SYSTEM_VXL
     BUG: Make all specializations NumericTrails::SetLength re-zero contents
     ENH: 3048, 3224: Refactor *SampleFilters to fix multiple issues
     ENH: Re-enable the array-bounds warnings for GCC 4.7
     DOC: Fix a bug with SquaredEdgeLengthDecimationQuadEdgeMeshFilter
     DOC: Clean up comments in NiftiImageIO, for better Doxygen compatibility
     STYLE: Remove unused typedefs from AlgorithmsPrintTests
     BUG: Fix improper usage of VoronoiSegmentationRGBImageFilter
     ENH: Move OpenFileForReading/Writing from StreamingImageIO to parent class
     ENH: Improve OpenFileForReading/Writing logic and documentation
     BUG: Prevent ObjectFactoryBase from possibly throwing an exception
     STYLE: Make internal-use CMake variables lowercase in KWStyle.cmake
     PERF: Prevent FindKWStyle.cmake from being called multiple times
     BUG: Fix FindKWStyle crash when kwstyle returns empty version info
     BUG: Fix Coverity issue 1081600: Use after free
     BUG: Update SmoothingRecursiveYvvGaussianFilter to fix CMake warnings
     ENH: Update ImageIO classes to use OpenFileForReading/Writing
     COMP: Fix array subscript build warning
     COMP: Except Git's status messages from CTest reporting
     COMP: Suppress Coverity defect when Examples create an ITK object
     BUG: Fix uninitialized variable in GradientRecursiveGaussianImageFilter
     DOC: Fix documentation in VoronoiDiagram2DGenerator
     BUG: Coverity 1081062: Fix big parameter passed by value
     BUG: Update IOSTL to include new bug fixes upstream
     DOC: Improve documentation for StatisticsAlgorithm functions
     BUG: Coverity 1130670: Buffer not null terminated in GE4ImageIO
     BUG: Coverity 1103200: Copy into fixed size buffer in GE5ImageIO
     STYLE: Coverity 1080839: Dead default in switch in QuadEdgeMeshEulerOperatorJoinVertexTest
     STYLE: Coverity 1080963: Dereference after null check in TreeIteratorBase
     BUG: Coverity 1081009: Missing break in switch in GiftiMeshIO
     BUG: Coverity 1081422: Uninitialized pointer field in QuadEdgeMeshFrontBaseIterator
     STYLE: Coverity 1081140: Dereference before null check
     BUG: Coverity 1081547: Uninitialized pointer field in ConnectedRegionsMeshFilter
     STYLE: Coverity 40ee44a9: Self assignment in VoronoiSegmentationImageFilterTest
     BUG: Coverity 1081129: Dereference before null check in itkIOCommonTest
     COMP: Update libminc from upstream, fixing a compiler warning on OSX
     BUG: Coverity 1081019: Improper use of negative value in StringTools
     COMP: Fix downcast warnings
     BUG: Coverity 1103189: Big parameter passed by value in FindSampleBound
     COMP: Fix implicit conversion warning
     COMP: Fix unused variable warning on Intel compilers
     BUG: Fix uninitialized variable in GradientRecursiveGaussianImageFilter
     BUG: Make all specializations NumericTrails::SetLength re-zero contents
     BUG: Update SmoothingRecursiveYvvGaussianFilter remote module
     BUG: Update SplitComponents remote module
     COMP: Fix implicit conversion warning
     BUG: Update SmoothingRecursiveYvvGaussianFilter remote module
     COMP: Update LesionSizingToolkit remote module from upstream
     STYLE: Coverity 1103618-1103620: Structurally dead code
     STYLE: Coverity 1081585: Structurally dead code
     STYLE: Coverity 1081584: Structurally dead code
     STYLE: Coverity 1081583: Structurally dead code
     STYLE: Coverity 1081580: Structurally dead code
     STYLE: Coverity 1081570-1081578: Structurally dead code
     STYLE: Coverity 1081566-1081568: Structurally dead code
     STYLE: Coverity 1081564: Structurally dead code
     STYLE: Coverity 1080826-1080827: Logically dead code
     STYLE: Coverity 1080862: Logically dead code
     STYLE: Coverity 1081598: Unused pointer value
     BUG: Coverity 1103595: Uninitialized pointer field
     BUG: Coverity 1081508: Uninitialized pointer field
     BUG: Fix uninitialized pointer fields
     BUG: Coverity 1081381: Uninitialized scalar field
     STYLE: Coverity 1103107-1103116: Logically dead code

Constantine Zakkaroff (1):

     DOC: HelloWorld Comments Edit for ITKSoftwareGuide

David Cole (2):

     COMP: Eliminate some level 4 warnings
     BUG: Add missing header files to enable try_run tests to run without crashing

Dirk Padfield (2):

     DOC: Improved comments and reorganized code for IsolatedConnected
     DOC: Corrected documentation for threshold boundaries.

Eric Greveson (1):

     ENH: Add setters for the overlay functor in labelmap overlay filters.

Fotis Drakopoulos (1):

     ENH: Adding GetFEMFilter method to PhysicsBasedNonRidgidRegistrationMethod.

GCC-XML Upstream (1):

     pygccxml 1.0.0 (reduced)

Ga√ętan Lehmann (1):

     ENH: Importing files from Noise Simulation Article

Gib Bogle (1):

     BUG: Windows BigTIFF errors: stat failure and lack of COMPRESSION_DEFLATE

Google double-conversion Maintainers (1):

     COMP: Google double-conversion (reduced)

Guillaume Pasero (1):

     ENH: Add mangling to internal OpenJpeg

Hans Johnson (40):

     PERF: 15% speed improvement for registration
     PERF: Simplify conditionals in loop
     COMP: Conditional assert check warning unused var.
     COMP: SimpleITK linkage failure
     BUG: Missing Modified() call
     COMP: SimpleITK linkage failure
     BUG: Element numbers 1053, 1052 not hex
     BUG: Remove valgrind reported leak
     BUG: Add missing transform types to factory
     BUG: Missing Modified() call
     PERF: Reviewing code for facilitating compiler optimizations
     COMP: Fix const constructor for const arrays
     ENH: Add LBFGOptimizerv4(for BSPline registration)
     COMP: Test failure from numerical precision
     BUG: Memory leak introduced.
     COMP: Remove deprecated 'register' keyword
     ENH: Ignore autocompletion clang helper files
     ENH: Move to latest remote module tag
     STYLE: Improve testing of member Get/Set functions
     COMP: Update AnalyzeObjectMapIO replacing deprecated
     DOC: Fixed documentation regarding multi-threading
     DOC: Improved Image Representation
     PERF: Minimize redundant function calls
     PERF: Pull loop termination constants out of loop
     ENH: Refactoring the CompositeTransform class
     STYLE: Explicitly declare virtual for derived class member functions
     STYLE: Explicitly recognize virtual functions
     STYLE: Add ITK_NULLPTR supporting c++11 checks
     BUG: Missing parentheses for logic comparison
     STYLE: Explicitly declare virtual (cont. of 1c8609)
     STYLE: Consistency of threadID and threadId
     BUG: FFTConvolutionImageFilter outputs incorrect
     STYLE: GetStopConditionDescription abstract method
     PERF: Re-use jacobian rather than instantiation
     ENH: Improve test in preparation for performance testing
     PERF: Code simplifications for performance testing
     BUG: Missed an API change for Allocate
     STYLE: Remove unnecessary comments.
     BUG: Expose unusable functions
     BUG: Incomplete refactoring of member variable name

Jean-Christophe Fillion-Robin (1):

¬†¬†¬†¬†¬†COMP:¬†Fix¬†‚Äúunused-local-typedefs‚Ä̬†warnings

Jens Wetzl (2):

     BUG: Fix race conditions in itkInvertDisplacementFieldImageFilter
     STYLE: Incorporated reviewer suggestions

Jon Haitz Legarreta (8):

     ENH: New test for itkSigmoidTransferFunction.
     COMP: Fix type casting build warning.
     ENH: New test for itkLogSigmoidTransferFunction
     ENH: Added call to Print() method
     STYLE: Changed LogSigmoidTransferFunction template argument names.
     ENH: Added StatisticsRelabelImageFilterTest to testing
     BUG: Fix issues with the BinaryStatisticsOpeningImageFilter test
     COMP: Test for itkCustomColormapFunction

Kent Williams (13):

     ENH: Add remote module for AnalyzeObjectMapIO
     BUG: incorrect loop var increment
     COMP: Update the DoubleConversion library upstream update script.
     ENH: Turn off DCMTK Logger messages by default
     COMP: fixed license test command in UpdateDoubleConversionFromGoogle.sh
     ENH: Add FDFImageIO as a remote module.
     PERF: replace image allocate followed by fillbuffer with allocate(true)
     COMP: Add test to verify Slope/Intercept handling
     BUG: GDCM reporting wrong spacing for some Media Types
     ENH: Add test for itkTestingStretchIntensityImageFilter
     COMP: Fix misplaced closing brace
     ENH: Remove try/catch exception handling around dynamic_catch
     ENH: Disallow vector multiply by itself

Liza Shrestha (1):

     COMP: Added new unit tests for increasing code coverage

Luis Ibanez (11):

     ENH: Add STLMeshIO remote module.
     BUG: Fixed module name IOSTL.
     COMP: Fixing instantiation of templated functions.
     BUG: Fixed Affine test 32bits. Precision checks.
     PERF: Accelerate initialize via selective testing.
     COMP: ShapeUniqueLabelMapFilter test was missing.
     STYLE: Coverity 1103119: Logically dead code
     BUG: itkLoggerThreadWrapper test was disabled.
     BUG: No DiscreteHessianGaussianImageFunctionTest.
     BUG: DiffusionTensorReconstruction lacked Progress
     BUG: TestingExtractSliceImageFilter lacked test.

Luke Bloy (4):

     BUG: Fixes itkBoxSpatialObject part of issue ITK-3153
     BUG: Fixes itkImageMaskSpatialObject part of issue ITK-3153
     BUG: Fixes itkBoxSpatialObject part of issue ITK-3153
     BUG: Fixes itkImageMaskSpatialObject part of issue ITK-3153

Marius Staring (2):

     ENH: add reset function to resource probe
     ENH: adding handle to RealTimeClock

Mark Hiner (1):

     ENH: bump to latest scifio-imageio

Martin Steghöfer (1):

     BUG: Match behavior of SimpleFastMutexLock on different platforms (#ITK-3248)

Matthew McCormick (93):

     ENH: Bump CMakeLists.txt to version 4.6.0.
     BUG: Remove unused itkAffineTransformXX.txt content links.
     BUG: Avoid SimpleImageRegistration{Float,Double}Test output clobbering.
     BUG: Prevent MINC transform tests outputs from clobbering.
     BUG: Add random number generator seed for vnl_algo_test_sparse_lm.
     COMP: Update libminc to latest version.
     ENH: Only build tests for modules explicitly enabled.
     BUG: Remove unused forward declarations in RegistrationMethodsv4.
     COMP: Update libminc to latest version.
     ENH: Add REQUIRES_DISPLAY CTest label.
     ENH: Add SplitComponents Remote Module.
     DOC: Suggest MeshFileReader instead VTKPolyDataReader.
     DOC: Add itkSetGetDecoratedInputMacro definition for Doxygen.
     COMP: Bump DCMTK to fix warning.
     BUG: Wrap TransformFileReader, TransformFileWriter.
     BUG: Remove unused itkAffineTransformXX.txt content links.
     COMP: Wrap OptimizerParameterScalesEstimatorTemplate.
     COMP: CommandIterationUpdate has field whose type uses anonymous namespace.
     COMP: Do not use -fno-ipa-cp-clone with clang.
     ENH: Move TransformToDisplacementFieldSource out of Review.
     ENH: Bump ITK version to 4.5.1.
     COMP: ImageRegistrationHistogramPlotter Clone never referenced.
     ENH: Add the ITK_INSTALL_LIBRARY_DIR to WrapITK.pth.
     ENH: Bump SCIFIO to add wrapping.
     COMP: ImageRegistrationHistogramPlotter unchecked dynamic_cast.
     BUG: Fix Array memory leaks with non-const construction.
     BUG: Prevent ambiguous Array construction methods.
     COMP: HDF5 library version variables contain '@'.
     COMP: Remove add_custom_command(SOURCE...
     COMP: Wrap OptimizerParameterScalesEstimatorTemplate.
     BUG: Wrap TransformFileReader, TransformFileWriter.
     COMP: Add missing itkVerson.h header.
     COMP: LBFGSOptimizerBasev4 explicit Doxygen link request.
     ENH: Bump FFTW to 3.3.3.
     COMP: Duplicated VectorContainer wrapping for real types.
     BUG: Increase tolerance for itkFEMC0TriangularElement-NodalLoads-BCs
¬†¬†¬†¬†¬†STYLE:¬†Add¬†missing¬†‚ÄúTest‚Ä̬†to¬†GDCM¬†test¬†names¬†and¬†filenames.
     DOC: No ReferenceImage members in TransformToDisplacementFieldSource.
     COMP: Bump LesionSizingToolkit for Doxygen warnings.
     BUG: GDCM Series does not write z-spacing.
     COMP: Remove unreachable return statements.
     ENH: Add ITK_FORBID_DOWNLOADS option. ITK-3239
     COMP: Bump SplitComponents Remote for Doxygen warnings.
     COMP: return will never be executed after exception thrown.
     BUG: Invalid read during ImageIOBase SetDirection.
     COMP: Fix failed itkTIFFImageIOCompressionTest merge.
     ENH: Bump version to 4.5.2.
     COMP: return will never be executed after exception thrown.
     COMP: SigmoidTransferFunction conversion from double.
     BUG: BoxImageFilter GenerateInputRequestRegion public -> protected.
     DOC: KernelImageFilter does not reimplement GenerateInputRequestedRegion.
     STYLE: Remove SigmoidTransferFunction .hxx doxy comments.
     BUG: Clean up Python module2module test.
     BUG: TestingExtractSliceImageFilterTest v3 direction strategy.
     STYLE: Remove duplicated TestingExtractSliceImageFilter doxygen.
     COMP: Use latex formula for HoughTransform doxygen.
     COMP: SigmoidTransferFunction members Alpha, Beta real type.
     STYLE: Fix SigmoidTransformFunction template argument names.
     COMP: BuildHeaderTest.py print_function import.
     BUG: Fix print function errors in pygccxml.
     BUG: Fix print functions in igenerator.py.
     ENH: Add Remote module group description to Doxygen.
     STYLE: Clean up MetaDataObjectBase.
     STYLE: Clean up MetaDataObject.
     ENH: Add unit test for MetaDataObject.
     ENH: Add MetaDataObject Print specialization for common types.
     STYLE: Fix template statements in SigmoidTransformFunction.
     BUG: Remove public MetaDataObject constructors.
     BUG: Add missing private copy constructors to MetaDataObject.
     BUG: Remove FEMRegistrationFilter debug code.
     DOC: Improve documentation and types for SplitRequestedRegion.
¬†¬†¬†¬†¬†Revert¬†"Revert¬†‚ÄúENH:`` ``Add`` ``Remote`` ``module`` ``group`` ``description`` ``to`` ``Doxygen.‚ÄĚ"
¬†¬†¬†¬†¬†DOC:¬†Remove¬†errant¬†‚Äú+‚Ä̬†in¬†Remote_documentation.
     ENH: For shared libraries when wrapping.
     ENH: Collect all wrapping configuration checks in one place.
     ENH: Better CMake defaults with wrapping.
     ENH: Replace CSWIG preprocessor definition with ITK_WRAPPING.
     BUG: Remove old itkSampleBuildTest.cmake.in file.
     ENH: Move MagnitudeAndPhaseToComplexImageFilter out of Review.
     COMP: Fix Doxygen warnings in itkMetaDataObject.h.
     BUG: Exclude Remote Modules the default ON Group values.
     COMP: Documentation CMake target must come before add_custom_command.
     BUG: Assign Remote modules to groups more robustly.
     BUG: Remove MagnitudeAndPhaseWriteComplexImageFilter test from Review Module.
     BUG: Remove old tests from Review for classes that have been removed.
     DOC: Fix Software Guide LaTeX syntax errors in the examples.
     COMP: Define ITKCommon_EXPORT_EXPLICIT for Doxygen.
     COMP: Remove itkImageReadComplexWriteMagnitudeAndPhaseTest.cxx from list.
     BUG: Move MagnitudeAndPhaseToComplexImageFilter to the ImageIntensity module.
     COMP: StdStreamStateSave Doxygen include.
     ENH: Add Sphinx examples as a Remote Module.
     BUG: Remove ITK_INSTALL_NO_LIBRARIES and ITK_INSTALL_NO_DEVELOPMENT.
     ENH: Make ITK_WRAPPING INTERNAL.

Matthew Woehlke (1):

     COMP: Fix egregious -Wcast-qual warnings

Michka Popoff (53):

     BUG: Fix for the WrapITK.pth destination path
     COMP: Fixes the Python wrapping under OS 10.8.5
     STYLE: Removed itkExtras folder
     BUG: Fix for the WrapITK.pth destination path
     COMP: Fixed itkQuasiNewtonOptimizerv4 wrapping warnings
     STYLE: 4 space indentation for python files
     COMP: Fixed itkGradientDescentOptimizerv4 wrapping warnings
     STYLE: Removed deprecated itk functions
     STYLE: Removed unused and misplaced python tests
     STYLE: Removed legacy python importing
     STYLE: Pep8 cleanup for the python files
     STYLE: Remove deprecated python strel function
     COMP: Fixed itkQuasiNewtonOptimizerv4 wrapping warnings
     COMP: Fixed itkGradientDescentOptimizerv4 wrapping warnings
     ENH: Use python warnings module for template warnings
     COMP: Duplicated wrapping for double in Array2D
     COMP: Update SWIG to 2.0.12
     COMP: Require at least Python 2.6 for Python wrapping
     ENH: Remove python dl dependency
     ENH: Remove psyco import
     COMP: Update PCRE to 8.34
     ENH: Update Swig to 3.0.0
     STYLE: Remove WrapITK versions
     COMP: Remove cmp0011 in wrapping
     COMP: Remove unused code in ConfigureWrapping.cmake
     COMP: Remove clrLine in itkExtras
     COMP: Fix the python import and progress callbacks
     STYLE: Remove reference to CableSwig
     STYLE: Clean up BinaryThresholdImageFilter (python)
     COMP: Fix the Python ResampleImageFilter test
     ENH: Bump SCIFIO for OS X installation
     ENH: Bump SCIFIO for OS X installation
     COMP: Update PCRE to 8.35
     STYLE: Remove unused compile all code for Python Wrapping
     ENH: Replace python print with print() function
     STYLE: Remove deprecated Python wrapping macros
     COMP: Fix failing header test
     COMP: Fix the writing of .idx files
     COMP: Fix python print import for .pth file creation
     COMP: Fix print import statement in itkExtras.py
     STYLE: Refactor swig call and code cleanup
     COMP: Fix for wrapping warnings (RealTimeClock and SimpleFastMutexLock)
     STYLE: Remove old Python examples
     COMP: Update gccxml
     ENH: Use pygccxml snapshot.
     ENH: Update to swig 3.0.2
     DOC: Update commit instructions for JIRA bugtracker
     ENH: Update GCCXML
     BUG: Fix wrapping with dimension 2 only
     COMP: Temporarily hide pygccxml warnings
     BUG: Do not wrap BinaryMask3DMeshSource when building with 2D only
     COMP: Move itkMatrixCoefficients wrapping to Filtering module
     COMP: Fix wrapping with Core only

Miguel Algaba (1):

     ENH: Added further Solve methods to VNLSparseLUSolverTraits

Nick Tustison (2):

     BUG:  Ignored the case for exceeding iteration limit.
     ENH: Preparing point set metrics for use with registration.

Rashad M (1):

     STYLE: Allow system installed expat library with ITK_USE_SYSTEM_EXPAT=ON

Sean McBride (6):

     BUG: initialize m_SmallBlock ivar in ctor; fixes garbage read
     BUG: changed some variables involved in shifting to unsigned
     COMP: Updated libminc to a78661bb592359ab86f417cc0c298299e593d808
     BUG: initialize m_SmallBlock ivar in ctor; fixes garbage read
     PERF: Mark ImageRegistration8Test with RUNS_LONG
     COMP: workaround clang -Windent warnings by fixing indentation

Sebastian Pölsterl (1):

     BUG: Return null pointer if class label does not exist (#3235)

Taylor Braun-Jones (1):

     ENH: Expose the output stream operator for LightObject

Vladimir Chalupecky (1):

     DOC: Fix description of SpatialObject::GetBoundingBox()

Vladimir S. FONOV (3):

     COMP: Fixed libminc to build on Windows
     COMP: Updated libminc, hopefully reducing number of warnings
     COMP: Improved MINCIOTransform tests

Wei Liu (1):

     BUG: Fixed a bug in ExpectationMaximiationMixtureModelEstimator.

Yves Frederix (1):

     ENH: GeodesicActiveContourShapePrior deals with DerivativeSigma equal to zero